
۴۴٬۰۰۰تومان
نوع فایل دانلود: EPUB
پس از خرید، یک فایل EPUB دریافت میکنید.
این فایل با Calibre، Apple Books و سایر کتابخوانهای دیجیتال مناسب است.
دانشمندان علوم زیستی امروز به شکل فوری به آموزش مهارتهای بیوانفورماتیک نیاز دارند. بسیاری از برنامههای بیوانفورماتیک بهخوبی نوشته نشدهاند و تقریباً نگهداری نمیشوند؛ معمولاً توسط دانشجویان یا پژوهشگرانی که هرگز مهارتهای پایه برنامهنویسی را نیاموختهاند. این راهنمای کاربردی نشان میدهد که متخصصان بیوانفورماتیکِ دوره پسادکترا و همچنین دانشجویان چگونه میتوانند از بهترین بخشهای پایتون برای حل مسئلههای زیستی استفاده کنند و در عین حال نرمافزار قابل مستندسازی، آزمونپذیر و قابل بازتولید بسازند.
کن یونس-کلارک، نویسندهی کتاب «پروژههای کوچک پایتون» (Manning)، فقط نشان نمیدهد چگونه کد پایتونِ مؤثر بنویسید؛ او همچنین توضیح میدهد چطور با کمک آزمونها برنامههای علمی را بنویسید و بازطراحی (refactor) کنید. شما با جدیدترین ویژگیها و ابزارهای پایتون آشنا میشوید؛ از جمله لینترها، فرمتکنندهها، ابزارهای بررسی نوع (type checker) و آزمونها—تا برنامههایی مستند و دارای آزمون بسازید. همچنین ۱۴ چالش را در Rosalind حل میکنید؛ یک پلتفرم یادگیری بیوانفورماتیک و برنامهنویسی که بر حل مسئله تمرکز دارد.
• ساخت برنامههای پایتون خطفرمان (command-line) برای مستندسازی و اعتبارسنجی پارامترها
• نوشتن آزمونها برای اطمینان از درست بودن برنامههای بازطراحیشده
• پرداختن به ایدههای بیوانفورماتیک با استفاده از ساختارهای داده و ماژولهای پایتون، مثل Biopython
• ساخت میانبرها و گردشکارهای قابل بازتولید با استفاده از makefileها
• تجزیه و تحلیل فرمتهای مهم فایلهای بیوانفورماتیک، مثل FASTA و FASTQ
• پیدا کردن الگوهای متنی با استفاده از عبارتهای منظم (regular expressions)
• استفاده از توابع مرتبهبالا در پایتون مانند filter()، map() و reduce()
Life scientists today urgently need training in bioinformatics skills. Too many bioinformatics programs are poorly written and barely maintained--usually by students and researchers who've never learned basic programming skills. This practical guide shows postdoc bioinformatics professionals and students how to exploit the best parts of Python to solve problems in biology while creating documented, tested, reproducible software.Ken Youens-Clark, author of Tiny Python Projects (Manning), demonstrates not only how to write effective Python code but also how to use tests to write and refactor scientific programs. You'll learn the latest Python features and tools--including linters, formatters, type checkers, and tests--to create documented and tested programs. You'll also tackle 14 challenges at Rosalind, a problem-solving platform for learning bioinformatics and programming.• Create command-line Python programs to document and validate parameters• Write tests to verify refactor programs and confirm they're correct• Address bioinformatics ideas using Python data structures and modules such as Biopython• Create reproducible shortcuts and workflows using makefiles• Parse essential bioinformatics file formats such as FASTA and FASTQ• Find patterns of text using regular expressions• Use higher-order functions in Python like filter(), map(), and reduce()